Ich kann dir auch nur sagen, wie das bei einem großen bayrischen Autobauer läuft. Da kann man nicht einzelne Steuergeräte updaten, sondern muss ein Update über das komplette Auto laufen lassen. Die entsprechend Software dafür muss direkt vom Server des Herstellers geholt werden, da jedes Auto, je nach Ausstattung eine andere Software drauf hat. Dadurch muss der Tester halt die ganze Zeit am Auto hängen, und auch die Batterie muss extern geladen werden. Insgesamt dauert das ganze idR je nach Softwarestand, umfang, erreichbarkeit der Server usw zwischen 30min und 2h wenns ganz blöd läuft, auch mal länger. Tatsächlicher Aufwand für den Mitarbeiter unter 15min. Allerdings wird halt der Arbeitsplatz und Tester blockiert.
Wenn eine Programmierung wegen eines technischen Problems nötig ist, dann sollte das aber mMn bei einem Fahrzeugalter bis 5-6 Jahre noch auf Kulanz gehen. Wenn es doch zu deinen Kosten geht, solltest du da einen Fixpreis vereinbaren. Wenn der Aufwand bei Audi nicht bedeutend höher ist, sollten da ganz grob 40-80€ realistisch sein.
Was man mit fremder Diagnosesoftware so raus bekommt ist meist auch nicht wirklich aussagefähig. Ich würde auch erstmal alles andere ausschließen, viel öfter als die Autos sind die Handys das Problem. Also dafür sorgen, dass das Handy und die entsprechende App aktuell sind. Außerdem mal beim Bluetooth das Auto ausm Handy löschen, und umgekehrt. Ich hab aber auch von Apple keine Ahnung, daher das eher als grundsätzliche Tips verstehen.
Wenn ich dir noch irgendwie weiter helfen kann, gerne PN.